Ks. Michał Czajkowski urodził się 3 października 1934 w Chełmży [diecezja toruńska]. Święcenia kapłańskie przyjął 15 czerwca 1958 roku z rąk ówczesnego arcybiskupa Bolesława Kominka. Po święceniach został skierowany na placówkę wikariuszowską do parafii św. Jana Apostoła i Ewangelisty w Oleśnicy. [1958-1959]. Później swoje kapłaństwo przeżywał ucząc się w Katolickim Uniwersytecie Lubelskim oraz na uczelniach w Rzymie, by finalnie doktorat ukończyć na Angelicum w Rzymie w 1966 roku. Po powrocie do Polski był wykładowcą w Seminarium Duchownym we Wrocławiu oraz rektorem kościoła św. Marcina na Ostrowie Tumskim. W lipcu 1972 roku został mianowany proboszczem parafii św. Jana Chrzciciela w Zgorzelcu - Ujeździe i urząd ten pełnił do października 1976 roku. Od tego momentu był kierownikiem Katedry Teologii Ekumenicznej UKSW w Warszawie. Pisał m.in. publikacje z zakresu teologii biblijnej. Był kierownikiem Katedry Egzegezy i Teologii Biblijnej Starego Testamentu na Uniwersytecie Szczecińskim [2003-2005].

Ksiądz Michał Czajkowski bardzo mocno był zaangażowany w sprawy ekumenizmu oraz dialogu z judaizmem, czego efektem było objęcie funkcji wiceprzewodniczącego współprzewodniczącego Polskiej Rady Chrześcijan i Żydów oraz Komisji Episkopatu Polski do spraw Dialogu z Judaizmem. Był także członkiem Komisji Episkopatu Polski do spraw Dialogu z Niewierzącymi

Był także zaangażowany medialnie, będąc asystentem kościelnym miesięcznika “Więź”[1984-2006] oraz współpracował z “Tygodnikiem Powszechnym”. Pisał także na łamach magazynu “Nigdy Więcej”. Był także publicystą Gazety Wyborczej. Publikował artykuły dotyczące dialogu chrześcijańsko-żydowskiego, ekumenizmu oraz kwestii społecznych. Jego teksty często poruszały tematy pojednania i refleksji nad trudnymi aspektami historii Polski.

Ksiądz Michał Czajkowski działał także jako TW “Jankowski”. Działalność ta trwała ok. 24 lat, a po ujawnieniu współpracy z SB całkowicie odsunął się z życia publicznego. Jak podaje “GW” z 18 maja 2006 roku - Ks. Czajkowski stanowczo zaprzecza. - Jestem tym porażony i przerażony. Przecież nigdy nie byłem agentem! - powiedział w wywiadzie dla "Życia".To jednak później przyznał się do tajnej współpracy i kilka dni później, gdy oskarżono go o donoszenie na kard. Kominka oraz ks. Jerzego Popiełuszkę, poprzez Radio Rodzina wydał oświadczenie: "W związku z kampanią wywołaną artykułem Tadeusza Witkowskiego w "Życiu Warszawy" jako duchowny archidiecezji wrocławskiej uważam za swój obowiązek wyjaśnić słuchaczom Radia Rodzina, że nigdy nie donosiłem na mego biskupa Bolesława Kominka, któremu tak wiele zawdzięczam, ani też na księdza Jerzego Popiełuszkę, z którym łączyła mnie współpraca i przyjaźń. Niech będzie pochwalony Jezus Chrystus".

Po opublikowaniu raportu wydał także oświadczenie, w którym podkreślił: — Wina moja jest bezsporna. Trudno to 24-letnie uwikłanie tłumaczyć epoką, naiwnością, lękiem, zbytnią swobodą wypowiedzi. Dałem dowód słabości charakteru.

Wieczny odpoczynek racz mu dać Panie…